加工费能直接抵按差额开票吗?

这是不行的。

新税法规定加工费发票不能进项抵扣，应算在产品加工费里。

政策依据：财税〔2016〕47号规定：劳务派遣一般纳税人，选择差额纳税的，以取得的全部价款和价外费用，扣除代用工单位支付给劳务派遣员工的工资、福利和为其办理社会保险及住房公积金后的余额为销售额，按照简易计税方法依5%的征收率计算缴纳增值税。

其向用工单位收取用于支付给劳务派遣员工工资、福利和为其办理社会保险及住房公积金的费用，不得开具增值税专用发票，可以开具普通发票。